В началото на 18 век Кралската библиотека в Мадрид получава ръкопис със заглавие „История на византийските императори в Константинопол от 811 до 1057 г., написана от Курапалат Йоан Скилица“. Датирането му е противоречиво сред византийските палеографи. Някои го отнасят към средата - втората половина на XIII век, други (като например българския изследовател А. Божков) към началото на XII и XIII век.
В края на 70-те години Н. Уилсън датира ръкописа в средата на 12 век въз основа на идентифициране на почерка и показва неговия южноиталиански произход. В този случай най-вероятно мадридското копие на Историята е направено в двореца на скрипториума в Палермо въз основа на копие от оригинала, представен на императора от самия Скилиц, направен през 1158 г. за Хенри Аристип, посланик на Кралство Сицилия, най-видният интелектуалец на Палермо.
В ръкописа има 574 миниатюри и затова мадридският ръкопис се счита за един от най-значимите паметници на византийските исторически миниатюри.