Смята се, че първото известно приложение на криптографията е използването на специални йероглифи преди около 4000 години в Древен Египет. Елементите на криптографията са открити вече в надписите на Старото и Средното царство, напълно криптографските текстове са известни от периода на XVIII династия. Йероглифната писменост, получена от пиктографията, беше пълна с идеограми и в резултат на липсата на вокализация направи възможно създаването на фонограми според принципа на пъзелите.
Криптографията на египтяните не беше използвана за затрудняване на четенето, а по-скоро с желанието на книжниците да надминат един друг по остроумие и изобретателност, а също и с помощта на необичайност и мистерия да привлекат вниманието към техните текстове. Един от илюстративните примери са текстовете за прослава на благородника Кнумхотеп II (XIX в. Пр. Н. Е.), Намерени в добре запазена гробница № BH 3 в района на Бени Хасан.
Древните египтяни са използвали поне три системи за криптиране.
В древните индийски текстове сред 64-те изкуства са назовани методи за промяна на текста, някои от тях могат да бъдат причислени към криптографски. Авторът на таблета с рецептата за производство на глазура за грънчарство от Месопотамия използва редки обозначения, пропуснати букви и заменя имена с цифри, за да скрие написаното. В бъдеще има различни препратки към използването на криптография, повечето от които се отнасят до използването във военните дела.
С появата на фонетичното писане писането веднага се опростява. В древната семитска азбука през II хилядолетие преди Христа е имало само около 30 знака. Те обозначаваха съгласни, както и някои гласни звуци и срички. Опростяването на писането доведе до развитието на криптография и криптиране.
Примери за използването на криптография могат да бъдат намерени в светите еврейски книги, включително в книгата на пророк Йеремия (VI в. Пр. Н. Е.), Където е използван прост метод за криптиране, наречен атбаш. Вместо първата буква от азбуката те написаха последната, вместо втората - предпоследната и т.н.
Едно от най-старите известни криптографски устройства е скиталата, известна още като "шифър на древна Спарта". Skitala (или scitala от гръцкото σκυτάλη, пръчка) е устройство, използвано за извършване на шифроване на пермутация. Скиталата се състоеше от цилиндър и тясна ивица пергамент, увита около нея в спирала, върху която беше написано съобщение. Това устройство е изобретено от спартанците и се знае, че е било използвано във войната на Спарта срещу Атина в края на V в. Пр. Н. Е. д.