Генетичен анализ на тъканни проби от мумии, открити в Перу - Алтернативен изглед

2024 Автор: Keith Bush | [email protected]. Последно модифициран: 2023-12-16 14:04

Докладвайте резултатите от генетичния анализ на тъканни проби от мумии, открити в Перу. Този доклад е подготвен през ноември 2018 г.

изпълнители

• CEN4GEN лаборатории (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Canada T6E 6T9) - Подготовка на проби и секвениране.
• ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Мексико) - компютърен анализ на данни.

След предварителен анализ на качеството са взети 3 проби от 7 представени проби за допълнителен анализ.

Проби за анализ

Обозначаване	оригинално име	Условно име	снимка
Древна-0002	Кост врат средно седнал 00-12 Виктория 4	Виктория	Фиг. 3.117
Древна-0003	1 ръка 001	Отделна ръка с 3 пръста	Фигура 3.118
Древна-0004	Момия 5 - ДНК	Виктория	Фиг. 3.117

За тези проби бяха извършени следните операции:

Промоционално видео:

1. Екстракция на ДНК.
2. Проверка на качеството на ДНК.
3. Умножение на ДНК
4. Създаване на ДНК библиотека.
5. ДНК секвениране.
6. Формиране на пречистени секвенирани данни.
7. Контрол на качеството.
8. Предварителен анализ чрез наслагване на ДНК отчита върху човешкия геном.
9. Анализ за изолиране на къса ДНК чете, характерни за древната ДНК.
10. Overlay of Ancient0003 DNA чете на съществуващи библиотеки на човешкия геном.
11. Митохондриален анализ за откриване на варианти на D-контур и други информационни сайтове за определяне на митохондриалните хаплотипове.
12. Определяне на пола на пробите Ancient0003.
13. Идентифициране на възможни чужди организми в проби.
14. Анализ на ДНК бази данни за идентифициране на приликите с известни организми.

Фигура 3.117. Извличане на проби от шията на Виктория.

За да се идентифицират възможните видове организми, присъстващи в пробите Ancient0004 и Ancient0002 (Victoria), е проведено скициране на геномна ДНК (Ondov et al., 2016), в която групи от къси фрагменти, k-mers, са сравнени с наличните бази данни. Използван е софтуера BBTools.

Следните организми са тествани:

1. Бактерии.
2. Вирус.
3. Плазмиди.
4. Фаги.
5. Гъбите.
6. Пластид.
7. Диатоме.
8. Човек.
9. Бос Телец.
10. H penzbergensis.
11. PhaseolusVulgaris.

12. Mix2: Етикет за следните геноми:

    • Хлоропласт Lotus japonicus, пълен геном.
    • Canis lupus familiis cOR9S3P обонятелни рецепторни семейства 9 подсемейство S псевдоген (cOR9S3P) на хромозома 25.
    • Vigna radiata mitochondrion, пълен геном.
    • Millettia pinnata хлоропласт, пълен геном.
    • Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, пълна последователност на пушка на генома.
    • Asinibacterium sp. OR53 скеле1, цялостна последователност на пушка на генома.
    • Bacillus firmus щам LK28 32, пълна последователност на пушка на генома.
    • Хлоропласт Bupleurum falcatum, пълен геном.
    • Alicycliphilus sp. B1, цялата последователност на пушка на генома.
    • Bacillus litoralis щам C44 скеле1, пълна последователност на пушка на генома.
    • Chryseobacterium takakiae щам DSM 26898, цяла последователност на генома пушка.
    • Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
    • Bacillus halosaccharovorans щам DSM 25387 скеле3, цяла последователност на геном на пушка.
    • Rhodospirillales бактерия URHD0017, пълна последователност на геном на пушка.
    • Bacillus onubensis щам 10J4 10J4_trimmed_contig_26, пълна последователност на пушка на генома.
    • Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, пълна последователност на пушка на генома.
    • Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, пълна последователност на пушка на генома.

13. Гръбначни: Етикет за следните геноми:

    • Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
    • bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
    • bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
    • GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
    • GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
    • GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
    • GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
    • Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
    • rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
14. Протозои.

Фигура 3.118. Изображение и рентгенография на две три пръста на ръцете.

След всички филтри бяха получени 27974521 четения за Ancient0002 и 304785398 четения за Ancient0004. Това показва, че 27% от ДНК от пробата Ancient0002 и 90% от ДНК от пробата Ancient0004 не могат да бъдат идентифицирани с ДНК пробите на анализираните организми от наличните бази данни.

Следващият етап от анализа беше извършен с помощта на софтуера megahit v1.1.3 (Li et al., 2016). Получен е следният резултат:

• Ancient0002: 60852 contigs, общо 50459431 bp, min 300 bp, max 24990 bp, avg 829 bp, N50 868 bp, 884.385 (5.39%) събрани четения.
• Ancient0003: 54273 contigs, общо 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, avg 972 bp, N50 1200 bp, 20 247 568 (65,69%) събрани четения.

Резултатът от анализа е показан на фигурата.

Фигура 3.116. Коефициент на класифицирани показания за 28073655 Ancient0002 четения (горна графика) и 25084962 Ancient0004 четения (долна графика) в сравнение с 34904805 ДНК база, представляваща 1109518 таксономични групи.

заключение

В резултат на анализа беше показано, че пробите Ancient0002 и Ancient0004 (Victoria) не съответстват на човешкия геном, докато пробата Ancient0003 съответства добре на човешката.

Коментар на Коротков К. Г

Обърнете внимание, че трикраката е принадлежала на голямо същество, сравнимо по размери с Мария, и полученият резултат съответства на резултата от ДНК анализа на Мария. Виктория е представител на „малките същества“и резултатът показва, че тяхната ДНК не съответства на нито едно съвременно земно създание. Естествено, нямаме данни за древни същества, които са изчезнали през милиони години.

звена

• Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). taxMaps: изчерпателна и високо точна таксономична класификация на кратко четените данни в разумни срокове. Геномни изследвания, 28 (5), 751-758.
• Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Сравняване на ефективността на три древни метода за извличане на ДНК за секвениране с висока пропускателна способност. Молекулярни екологични ресурси, 16 (2), 459-469.
• Huang, W., Li, L., Myers, JR, & Marth, GT (2012). ART: симулатор за четене от следващо поколение от следващо поколение. Биоинформатика, 28 (4), 593-594.
• Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016 г.). MEGAHIT v1.0: Бърз и мащабируем метагеномен асемблер, задвижван от съвременни методологии и практики на общността. Методи, 102, 3-11.
• Ондов, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., & Phillippy, AM (2016). Mash: бърза оценка на разстоянието на генома и метагенома с помощта на MinHash. Геномна биология, 17 (1), 132.
• Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Характеризиране на древни и съвременни геноми чрез SNP откриване и филогеномен и метагеномен анализ с помощта на PALEOMIX. Природни протоколи, 9 (5), 1056-1082.
• Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-сървър: анализ на данните от следващото поколение за секвениране на човешка митохондриална ДНК в облака. Изследване на нуклеинови киселини, 44 (W1), W64-W69.
• Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T., & Stamatakis, A. (2014). PEAR: бързо и точно Illumina Paired-End преобразуване на сливанеR. Биоинформатика, 30 (5), 614-620.

Материали, предоставени от Константин Георгиевич Коротков (доктор на техническите науки, професор, Университет по информационни технологии, механика и оптика) и Дмитрий Владиславович Галецки (кандидат на медицинските науки, И. П. Павлов Първи Санкт Петербургски медицински университет)